重組腸激酶輕鏈體外具有全酶的酶切特異性，同時對基因工程融合蛋白底物的酶切活性較提純的牛腸激酶明顯增強。重組腸激酶可去除位于蛋白質N-末端的融合蛋白，以除去不需要的融合標簽。

由于腸激酶具有高度專一性，水解效率高的特點，它被廣泛地應用于基因工程產品的開發；它能夠作為蛋白酶特異性地識別并切割含腸激酶切割位點的底物，其應用之一是作為工具蛋白酶用于重組融合蛋白質的特異性斷裂，尤其適用于生物工程制藥業及基因工程、生物化學、分子生物學等研究。