脯氨酸蛋白酶是一種胞內(nèi)外肽酶。它是一種同二聚酶，在其活性位點(diǎn)中需要二價(jià)陽離子（如錳）作為輔因子才能發(fā)揮其功能。脯氨酸蛋白酶是催化 α-羧基與脯氨酸或羥脯氨酸之間的酰亞胺鍵水解的酶。該蛋白質(zhì)形成同二聚體，該同二聚體水解具有 C 末端脯氨酸或羥脯氨酸殘基的二肽或三肽。

脯氨酸酶基因的罕見突變會引起缺陷，導(dǎo)致亞氨基二肽尿大量增加，血漿中含脯氨酸的二肽升高、反復(fù)感染、智力低下和皮膚損傷。

脯氨酸蛋白酶在脯氨酸的循環(huán)利用和膠原蛋白的生產(chǎn)中具有重要作用。